本实用新型公开了一种综合处理河道以及湖泊的水体生态修复系统，属于水体生态修复技术领域，包括结构主体，所述结构主体的顶部设置有支撑板，所述支撑板顶部的外侧设置有挡条，所述支撑板的顶部均匀设置有多组填充组件，所述填充组件的顶部皆卡接有遮挡组件，所述填充组件的内部皆种植有植被。本实用新型通过将待种植的植被放置在填充槽的内部，然后利用卡环和卡槽的相互配合，将盖板卡在支撑板的顶部，从而使植被生长出的根须经过过滤板上的细孔和透气孔延伸至水体表面，且利用填充槽便于适当填充土壤填充料，利用土壤填充料增加了植被生长所需的矿物质，从而使植被的生长效果更好，在一定程度上降低了对种植的植被种类的要求。