本实用新型公开了一种具有收纳作用的显微镜底座，包括第一台体和第二台体，所述第二台体位于第一台体的上表面，所述第一台体的上表面且位于第二台体的右方设置有放置盒，所述放置盒的上壁转动连接有放置盒门，所述放置盒门的上表面固定连接有圆形拉环，所述第一台体的前壁设置有第一收纳门、第二收纳门、第三收纳门和第四收纳门，所述第一收纳门的前表面设置有推拉把手，所述第一收纳门的后表面且位于第一台体的内部固定连接有目镜收纳盒。本实用新型中，通过设置底座内部四个不同的收纳盒来对显微结构和工具进行收纳，方便长期使用，设置底座上的放置盒方便显微观察时放置工具，随放随拿，方便操作。