本实用新型提供了一种具有选择性切除肛肠组织功能的肛肠吻合器，包括手柄组件、吻切组件、抵钉座组件、丝杆组件、推杆组件和离合结构，其通过在钉仓套内滑动设置可拼合形成圆管状结构的推钉片的第一推钉片和第二推钉片，在固定手柄内设置推送第一推钉片的第一直推杆和推送第二推钉片的第二直推杆，并设有设置有控制活动手柄与第一直推杆和/或第二直推杆联动的离合结构。则在使用时，仅需调节离合结构的第一滑块和第二滑块的位置，扳动活动手柄就可实现选择性地避空第一直推杆和第二直推杆中的一个推杆，进而击发第一推钉片和第二推钉片中的一个推钉片推送吻合钉，达到对患者肛肠齿状线上粘膜组织进行选择性切除的目的，有效降低手术风险。