本实用新型公开了一种地下根腐病病毒荧光标记装置，包括底座和反应罐，所述反应罐设置于所述底座上方，且所述底座顶部设置有支撑所述反应罐的承托台，所述承托台顶部远离所述反应罐一侧设置有伺服电机；所述承托台为中空箱体结构，所述反应罐中部设置有搅拌叶，所述反应罐底部中心设置有支撑所述搅拌叶的转轴。有益效果在于：本实用新型通过在反应罐内设置电动旋转的搅拌叶，同时通过伺服电机带动反应罐进行周期性转动，将菌株在反向旋转的搅拌叶以及反应罐内进行搅拌，以提高菌株的混合均匀性，避免反应罐内壁粘附菌株影响悬浮液菌株浓度，降低人工操作劳动量，实用性强。