本实用新型公开了一种防交叉污染采样鞋套，包括脚踝、脚背、脚底、护筒护膝、膝收紧部和拉链，脚底设置在鞋子的底部，脚踝覆盖于脚踝处，脚背覆盖于脚背处，所述脚踝、脚背、脚底相互连接形成与鞋子相适配的套子结构，脚踝上部连接设置有护筒，护筒上部连接设置有护膝，护膝上部连接设置有膝收紧部；所述鞋套包括三层，分别是位于内层的普通PP无纺布层、位于中间层的SMS无纺布层和位于外层的防滑层；在脚踝、脚背、脚底和护筒上设置有采样槽，采样槽内嵌设有采样布；本装置穿脱方便、清洁简单、提高采样效率，从而提高生产效率、节能环保。