本实用新型提供了一种培养基盒转运机构及微生物样本智能处理系统，属于微生物学装置技术领域。它解决了现有的微生物样本智能处理系统结构布置不合理的问题。培养基盒转运机构，包括储存箱、设于储存箱内的升降板以及第一驱动组件，储存箱的侧部具有上下延伸的第一开槽，升降板上具有由第一开槽伸出的延伸部，第一驱动组件作用在该延伸部上，储存箱的侧下部设有横向延伸的第二开槽，第一开槽的下端与第二开槽连通；微生物样本智能处理系统，包括具有送料口的工作台，培养基盒转运机构设于工作台的下方且与送料口正对设置。本实用新型节约了工作台的上部空间，有利于其他组件的合理布置，并增加了储存量，提高了运行效率。