本实用新型公开了一种新型电动冷藏机组控制器结构，包括由壳体围成的安装腔，该安装腔内安装有电源开关、电源管理模块、压缩机控制器、保险盒和继电器组，在所述外壳上设有控制面板，在所述壳体上对应所述电源开关的位置设有通孔，在所述壳体上还分布有散热孔。本实用新型将温度控制、压缩机控制、电源分配管理，集成为一体，实现了电动冷藏机组的电器集成模块化。整体结构更紧凑，且便于安装以及维护。实际使用过程中可将本控制器直接安装于车辆的驾驶室中，避免了将一些精密控制电路放置于车外受环境影响，而容易出现故障等问题，提高了使用寿命和安全性，方便驾驶人员实施观察以及控制冷藏机组的运行状态。