本实用新型提出一种中深层地热能与燃气锅炉耦合的供热系统，中深层地热源换热器、第一水源热泵、高效换热器和第二水源热泵依次通过第一地热水侧管道、第二地热水侧管道以及第三地热水侧管道连接，形成热源侧循环回路；所述燃气锅炉通过第一烟气管路与烟囱连接，燃气锅炉的废烟也通过高效换热器换热后通过第二烟气管路与烟囱连接，形成换热排烟通路。本实用新型的系统，以中深层地热源热泵为基础热源，燃气锅炉作为尖峰热源，通过二者系统之间的技术优化耦合，充分发挥中深层地热系统的节能优势和燃气锅炉系统低建设成本优势，减少了中深层地热井数量，有效降低了土建投资及总投资。