本实用新型公开了一种具有消毒功能的汽车空调，包括连通汽车内外的制热通道，沿空气流动方向，制热通道上连通有风机组件、制热装置、空调滤芯，还包括辅助通道，辅助通道两端分别连通至空调滤芯上、下游的制热通道上，当获取到启动车载消毒的信号后，开启制热装置对流经制热通道内的空气加热，并对空调滤芯进行高温杀毒，同时，打开辅助通道，向车内输入目标温度的空气。本实用新型所述的具有消毒功能的汽车空调通过设置辅助通道，在不同模式下，一方面为制热装置加热空气对空调滤芯进行高温杀毒，另一方面，通过辅助通道为车内持续提供舒适的空气，消毒后的热风通过排气管排出到车外，有效防止消毒热风进入车内。