本实用新型提供了一种燃料电池车辆的车顶密封结构，包括螺栓和橡胶胶垫，所述橡胶胶垫上开设有通孔，所述橡胶胶垫的一面位于通孔的周边位置上设置有围成一圈的凹槽，所述螺栓自下而上依次穿过骨架和车顶蒙皮并通过单螺母紧固，所述螺栓的端头与骨架焊接在一起，所述螺栓上端部分露出车顶蒙皮，所述橡胶胶垫以凹槽朝下的方式通过通孔套装在螺栓上端露出部分上且橡胶胶垫的凹槽罩住单螺母，所述橡胶胶垫底部紧贴车顶蒙皮，所述螺栓上端露出部分位于橡胶胶垫的上方套装有部件总成，通过双螺母将部件总成与橡胶胶垫贴合紧固在螺栓上。本实用新型具有多重保护密封胶，可延长密封胶老化，保证橡胶胶垫与车顶蒙皮之间的密封性和粘结牢固性。