本实用新型提出了一种微生物河道净化装置，包括过滤外网、位于所述过滤外网内的曝气管，所述过滤外网上设有菌群投放管，所述菌群投放管伸于所述滤网底部；所述曝气管包括管体，所述管体表面设有若干曝气孔，所述管体顶部连通有进气管，所述进气管伸出所述过滤外网顶部；所述曝气管内部嵌有加热装置，本装置分布设置在河道内，在倒入微生物菌群时，能够通过曝气管快速混合至水中，并且曝气装置能够保证水中更多的融入氧气，保证好氧菌的繁殖率，能够高效净化河道，并且特别设置了加热装置解决了寒冷天气时微生物繁殖较慢的问题。