本实用新型提供在线测流仪自动清洗系统。所述在线测流仪自动清洗系统包括清理箱，所述清理箱上对称设有两个出入孔，两个所述出入孔内设有第一橡胶帘，所述清理箱内固定安装有第二橡胶帘，所述清理箱上开设有多个风口；清洗机构，所述清洗机构设置在所述清理箱内；多个风扇，多个所述风扇均固定安装在清理箱上，且多个所述风扇与对应的所述风口相连通；烘烤消毒装置，所述烘烤消毒装置固定安装在清理箱的底部内壁上；滚筒传动装置，所述滚筒传动装置固定安装在清理箱内。本实用新型解决的技术问题是提供一种使用方便、清理效率高，并有着快速烘干和消毒功效的在线测流仪自动清洗系统。