本实用新型公开了一种医疗废水消毒处理系统，所述系统依次包括第一混合池、消毒池、第二混合池、及中和反应池，所述第一混合池连接有废水进水管，所述消毒池与第二混合池通过第二废水管连通，所述第一混合池通过第一加药管连接有第一加药箱，所述第二混合池通过第二加药管连接有第二加药箱，所述第二废水管上连接有提升泵，所述提升泵将消毒池内废水送入第二混合池，所述废水进水管、第一加药管、第二加药管及第二废水管出液端均连接有与其垂直设置的布液管，所述布液管设有若干喷射孔，所述消毒池及中和反应池内设有多个能增大废水与药液反应面积的分流板。本实用新型的消毒处理系统提高了整个系统的消毒能力，使的药液与废水能够充分反应。