本实用新型公开了一种湖泊水库底层采样装置，包括水箱、水泵、蓄电池、防水电机、无线控制器和定位器，所述水箱的左侧内部设置有凸台，所述水泵的输出端连接有进水管，所述水箱的前侧设置有连接架，所述进水管的底端连接有吸头，且吸头的下方设置有橡胶垫，所述橡胶垫的下方设置有挡板，所述吸头的底部右侧上方安装有安装盒，所述蓄电池的后侧设置有无线控制器和定位器，且无线控制器位于定位器的左侧，所述吸头的左侧上方设置有配重块。该湖泊水库底层采样装置，方便持续对水样进行抽取，节省人力，且方便对抽取水样的深度进行定位，方便采集底部水样，并能够对采集的水样进行浮游生物过滤，方便浮游生物的研究。