本实用新型涉及一种高低盐废水分离系统，其中系统包括：与电厂各废水终端相连接的废水输送泵，每个所述废水输送泵均与各自单独的电导率表相连接，每个所述电导率表均各自经过单独的回流阀返回与所述电厂各废水终端连接，每个所述电导率表均还各自经过单独的高盐废水输送阀与高盐废水池相连接，每个所述电导率表均还各自经过单独的低盐废水输送阀与回收水池相连接；与系统配套的方法中，通过在线电导率表对废水进行高低盐区分，并设备不同的管路、阀门已经处理水池对区分除的高、低盐废水进行分别处理，低盐废水可以重新回收利用，高盐废水直接通过蒸发塔蒸发处理。与现有技术相比，本实用新型具有节能环保、提高废水利用效率等优点。