本实用新型公开了一种用于燃料电池的两级离心式压缩机，包括涡轮、电机、高压级压气机、低压级压气机、连接管路和燃料电池堆，电机主轴一端与高压叶轮连接，电机主轴另一端与低压叶轮连接，连接管路处于低压级压气机出气口和高压级压气机进气口之间，高压级压气机出气口与燃料电池堆阴极进气口连接；涡轮进气口连接有燃料电池堆阴极出气口，涡轮与高压级压气机加工为一体。涡轮通过利用燃料电池燃烧排出的废气，转轴传动带动高压级压气机将吸进的空气压缩，高压级压气机耗功减小，降低了燃料电池系统寄生功率，提高燃料电池输出功率；本发明采用涡轮叶轮与高压级压气机叶轮背向一体化加工方案，减小了系统体积与重量，实现系统紧凑的目的。