本实用新型公开了一种用于农田排灌区的生态截留系统，包括设置在田埂边缘的生态沟渠和生物滞留池，在生态沟渠交叉口或水域交界处设置有闸门井，在生态沟渠末端与生物滞留池之间设置有为砖砌结构的堰式集水井，堰式集水井包括进水口A、出水口B、出水口和设置在堰式集水井内的堰墙，进水口A与上一级的生态沟渠的末端连通，出水口B与下一级的生物滞留池连通，出水口与邻近收纳水体连通。本实用新型的结构简单、设计合理，实现对尾水中N、P以及悬浮颗粒物的阻滞、吸收和降解，降低农村小流域水体污染负荷。