本实用新型公开了一种干细胞与取自生物结构的脂肪组织分离装置，包括分离桶，所述分离桶内壁底端中部安装有硅胶支撑块，所述硅胶支撑块顶端中部开设有收纳槽，所述分离桶内壁顶部焊接有环形限位块，所述分离桶内部安装有过滤管，所述分离桶顶端安装有密封板，所述密封板顶端中部开设有安装槽，所述安装槽内部安装有马达，所述马达的输入端和外部电源的输出端电性连接。本实用新型通过密封板、环形限位块、固定槽、定位卡槽和定位卡柱等一系列合理的结构设置，可以对分离桶进行封闭，通过马达、搅拌转轴和十字搅拌架，可以使过滤管内部的消化液与脂肪混合的更加均匀，有利于加速脂肪组织的消化，便于工作人员对脂肪干细胞的快速分离提取。