本实用新型提供了一种制药用纯化水制备系统，包括依次连接的预处理系统、反渗透及EDI系统、纯化水储存及运输系统，所述制备系统还包括并联式微型计算机系统和均与并联式微型计算机系统电连接的水质调节加药系统、氧化还原剂及总氯在线监测系统和电导率探测装置，水质调节加药系统的加药管连接在预处理系统和反渗透及EDI系统之间的管道上，氧化还原剂及总氯在线监测系统连接在水质调节加药系统和反渗透及EDI系统之间的管道上，电导率探测装置安装在反渗透及EDI系统的管道上。本实用新型可实现水质数据采集、故障检测、设有水质调节加药系统，降低了EDI系统的负荷，反渗透装置为竖式设置，水因重力向下流，降低了泵的工作负荷。