本实用新型公开了一种用于多肽生产的发酵菌体收集机构，涉及多肽发酵菌收集技术领域，包括防护箱，所述防护箱的一侧固定连接有合页，所述合页的一端固定连接有箱门，所述箱门的内壁周向固定连接有密封条，所述箱门的中部开设有探照窗，所述防护箱的顶部开设有排气孔，所述排气孔的顶部固定连接有排气管。该用于多肽生产的发酵菌体收集机构，通过储物箱与滑块的配合设置，当拉板向外拉动时，能够使限位块脱离限位槽的内部，能够使滑块带动储物箱进行滑动，能够使储物箱进行取下和安装，能够对多肽发酵菌体进行有效的收集保存，提高了多肽发酵菌体的使用性，防止了多肽发酵菌体的损坏。