本实用新型公开了一种自动滤水器控制系统，包括自动滤水器本体，自动滤水器本体包括内部中空的壳体，壳体内部设有滤芯和反冲洗机构，顶部设有电机，电机轴同轴传动有转轴，排污机构安装于转轴上，壳体上还设有进水口、出水口和排污口，其改进之处在于：还包括有电动排污阀、压差开关和控制箱；电动排污阀设于排污口；压差开关连接电机和电动排污阀；控制箱设有PLC控制器、触摸屏和控制开关，PLC控制器与电机和电动排污阀连接；触摸屏用于通过PLC控制器设置定时启动电机和电动排污阀的时间，控制开关用于通过PLC控制器直接控制两者的开关，压差开关用于检测进、出水口的压差到达一定数值后触发两者启动。该系统可采用多种方式进行清污，清污效果好。