本实用新型属于有机废弃物处理领域，具体提供一种微波热解系统。本实用新型旨在解决目前对于有机废弃物处理对环境污染仍然较为严重的问题。为此目的，本实用新型的微波热解系统包括热解壳体和微波加热装置，热解壳体内侧设有搅拌装置，微波加热装置包括微波发生器、固定板、盖板和密封组件，热解壳体上还设有安装口，固定板盖设在安装口上，盖板盖设于固定板上，在固定板和盖板之间还设置有密封组件，在固定板上开设有第一微波进口，相应地在盖板上开设有第二微波进口，微波发生器固定在盖板上，并且其输出端与第一微波进口连通。此种设置方式使用微波作为主要供能，实现有机废弃物的热解，降低了对外部环境的污染。