本实用新型涉及一种带有筛选机构的种子杀菌装置，包括底板，底板的底部固定连接有若干条支撑腿，其顶部固定连接有固定架，固定架的顶部固定连接有进料管，进料管贯穿固定架的顶部并延伸至固定架内，其末端管口的下方设置有固定板，固定板固定连接在固定架的一侧内壁，其上方设置有气缸，气缸输出轴末端固定连接有推料板，固定板的上方设置有第一消毒机构，固定架的内部分别设置有第一筛选机构和第二筛选机构，且固定架的两侧均设置有第二消毒机构，底板上固定连接有第三出料槽，其下方设置有除尘机构，第三出料槽的内壁固定连接有隔网。本实用新型具有结构设计合理，操作方便，便于筛选，除尘效果好等特点。