本实用新型公开了一种全自动菌落计数仪，包括中央处理模块，电路部分、检测仓部分和图像采集部分，中央处理模块为Windows操作系统环境的一体机电脑，图像采集部分包括自动对焦的彩色拍摄仪和上下LED双光源彩色扫描成像仪，检测仓部分包括培养皿支撑平台，培养皿支撑平台上至少设置一个培养皿固定槽，培养皿固定槽底部设置至少一个背景板，背景板下方设置背光灯，培养皿固定槽两侧设置卡槽，背景板通过卡槽推入，卡入培养皿固定槽，背景板为边长大于培养皿直径或边长的方形透光板。本实用新型提出一种可以差异化、多样化采集图像，精准成像，精准计数的一种全自动菌落计数仪，解决了由于菌落在培养基上的表现不可能大体一致，颜色存在差异表现的问题。