本实用新型属于菌种培养技术领域，具体涉及一种菌饼打孔器，包括手柄和套筒，其中，所述手柄上竖向设置有第一电动伸缩杆和第二电动伸缩杆，位于所述第一电动伸缩杆和第二电动伸缩杆下方设置有限位箱，所述限位箱盖板两端经所述限位槽向所述套筒外部延伸，所述限位箱盖板的伸出端与所述手柄之间设置有第一限位弹簧，所述限位箱盖板上设有供所述第二电动伸缩杆通过的通孔，所述限位箱内设置有限位板，所述限位板与所述限位箱盖板之间设置有第二限位弹簧，所述限位板底部设置有若干推杆，所述推杆端部设置有推料板，所述限位箱底板上设置有若干打孔管；本实用新型不仅结构设计简单、合理，易于操作使用，能减小破坏菌体及菌种被外界污染的几率。