本申请公开了一种低温液体泵密封结构，包括设于安装基座上的冷气头，冷气头下方连接有冷冻设备，冷气头内部设有冷气供应管冷气供应管顶部设有对接密封管口，其内安装有连接冷气供应管的集散输出阀；还包括法兰卡套，其卡套在冷气头的上端口上；法兰卡套顶面上设有环槽，其内配合有法兰密封卡环。本实用新型对低温液体泵的冷气头进行结构内置联位改造设计，通过设置一处功能套筒而将冷气供应管和冷气头的法兰机构进行关联支撑连接，降低冷气头内部结构的空间占用。此外，采用法兰卡套进行冷气头的法兰密封连接，设置有定位安装机构和密封卡环以及固定环等，用于在法兰端口进行安装固定液体输出管道。