本实用新型公开了一种畜禽舍EC风机控制系统，属于畜禽舍内环境监控技术领域，包括壳体和壳体内部的电路板，电路板上设有主控制器和与主控制器通信连接的风机控制器；主控制器包括主控模块、负压采集模块和通风量统计模块，负压采集模块和通风量统计模块的信号输出分别与主控模块的信号输入连接；风机控制器包括风机控制模块，风机控制模块通过RS485通信模块与EC风机通信连接。由于不同的负压范围下，EC风机的最优能效比所对应的转速不同，本实用新型在通过加入了负压采集模块，在满足畜禽舍通风量需求的同时，将负压因素考虑在内，控制EC风机以最优能效比转速运行，具有节约电能，减少能耗的优点。