本实用新型公开一种生物有机肥菌种用自动喷洒装置,包括发酵箱体、控制箱、进料管、出料管、喷洒机、湿度传感器和升降机构；所述喷洒机构包括与所述升降机构的底部固定连接的第一连接管，所述第一连接管的下端固定并连通有旋转喷头，所述第一连接管的上端固定并连通有第二连接管，所述第二连接管远离第一连接管的一端固定并连通有进水软管，所述第一连接管上固定安装有进水阀；通过温度传感器和喷洒机构的协同配合，能控制发酵箱体的内部湿度，为生物有机肥菌种的生长繁殖创造良好的生长环境，且还能通过升降机构控制旋转喷头进行上下运动，从而使得旋转喷头在运动过程中对发酵箱体内部进行全面的清洗，清洗效果好。