本实用新型公开了一种药卷整理运行装置，包括理料机和闸板支撑座，所述理料机上安装有传输皮带，所述传输皮带上平行设置有若干隔板，所述隔板将所述传输皮带分割为若干用于传送药卷的等宽度传输槽，所述理料机上方安装有闸板支撑座，所述闸板支撑座上方设有气缸，所述气缸的活动端贯穿所述闸板支撑座设置并连接设置在所述闸板支撑座下方的上闸板顶部，所述上闸板侧面安装有下闸板，且所述下闸板与所述传输槽相适配设置。本实用新型结构简单，易制作，实用性强，提升理料机生产能力，使得整体运行更流畅。