本实用新型公开了一种基于微生物的中药废水处理装置，包括微生物反应池，所述微生物反应池的内部嵌入有过滤网，所述微生物反应池的顶部设有顶盖，所述顶盖的上表面中心位置贯穿转动连接有搅拌杆，所述搅拌杆的底端贯穿过滤网并与过滤网转动连接，所述搅拌杆外表面位于过滤网上方的位置对称固定连接有连杆。本实用新型中，凝固剂和混合剂分别通过第一出液孔和第二出液孔分层进入中药废水中，搅拌叶转动使得中药废水能够充分地与凝固剂和混合剂相混合，进而大大提高了凝固剂和混合剂与中药废水的混合效果，在污染物的生化转化过程中无需高温高压，在温和的条件下经过酶催化即可高效并相对彻底地完成，而且能够避免废水处理不完全的情况发生。