本实用新型涉及一种铝合金方舱隔离舱结构，在铝合金方舱内设置上下两层相互隔离的二个以上并列连接的单个隔离舱房间，每个隔离舱房间配置房门、窗户、卫生间、窗式空调机、床及写字台。上下两层的隔离舱结构由一层房屋圈梁、二层房屋底梁、一层房屋连接板、二层房屋连接板、铝挤压型材及铝墙板组成。一层房屋圈梁和二层房屋底梁外面包装防火板和保温棉，防火板外面安装铝墙板。二层房屋底梁上方设置卫生间排水孔，并通过水管连接排水系统。一层房屋连接板和二层房屋连接板设置在一层房屋圈梁与二层房屋底梁之间，两层房屋连接板固定在铝挤压型材上。本实用新型可用于建造方舱医院，在施工现场可快速建造拼装，施工效率高。