本实用新型涉及蛋白纯化系统的技术领域，特别是涉及一种蛋白纯化系统专用温控泵，能够在温控泵工作过程中进行加热或冷却，而且容易拆卸，维修方便，提高实用性；包括电动机、固定架、底座和泵体，底座的顶端的左部与电动机的底端通过固定架连接，电动机的输出端与泵体的左端连接，还包括半导体制冷套、电热丝、导热套、隔热板、第一隔热层、第二隔热层，泵体的前端设置有进液口，泵体的后端设置有出液口，泵体包括内层泵体和外层泵壳，半导体制冷套与内层泵体的前部套装，导热套与内层泵体的后部套装，电热丝与导热套套装，隔热板的前端和后端分别与半导体制冷套的后端和导热套的前端紧贴，第一隔热层与半导体制冷套套装。