本实用新型涉及一种治疗机管路系统以及牙科治疗机，该管路系统包括净水管路、消毒管路、回收管路和中转水槽，净水管路的两端分别连接净水瓶和治疗机的牙科手机，消毒管路的两端分别连接消毒瓶和牙科手机，回收管路的两端分别连接治疗机的吸水枪头和集污设备，治疗状态时，净水瓶内的净水通过所述净水管路和牙科手机输入口腔，并通过回收管路将口腔内的净水输送至集污设备，消毒状态时，牙科手机和吸水枪头均与中转水槽连接，消毒瓶内的消毒液通过消毒管路和牙科手机输入中转水槽，并通过回收管路将中转水槽内的消毒液输送至集污设备。该管路系统便于及时对医疗器械进行消毒处理，且操作方便，效率较高。