本实用新型涉及一种沼气发电机组燃料控制系统，包括进气管道、燃气发电机组、排气管道和燃料控制ECU；在进气管道上依次设的甲烷浓度传感器、阀组、燃料节气门、文丘里混合器和增压器；增压器与燃气发电机组的进气口连接相通，燃气发电机组的排气口与排气管道连接相通；在燃气发电机组上设有水温传感器，燃气发电机组与机组控制器电连接；在排气管道上设有氧传感器；燃料控制ECU与甲烷浓度传感器、燃料节气门、机组控制器、水温传感器和氧传感器电连接。本实用新型能够解决在不同甲烷浓度下沼气发电机组自动起动困难的问题，还能在沼气发电机组连续运行遇到甲烷浓度变化时自动调整合适的空燃比，提升沼气发电机组的经济性与可靠性。