本实用新型涉及实验室设备技术领域，本实用新型公开了一种实验室用微生物检测容器消毒设备，包括主体机构和冲洗机构，所述主体机构包括箱体、对接头、第一固定块、容器本体、第一连接块、过滤网、连接杆、弹簧、预留孔、螺杆、第二连接块、第三连接块和紫外线照射灯，所述箱体的两侧内壁固定有第一固定块，且第一固定块的内壁固定有对接头，所述第一固定块的内部插设有第一连接块，且第一连接块的内部开设有预留孔，所述预留孔的内壁固定有弹簧。本实用新型通过第一固定块和第一连接块配合使用对容器本体的内部进行消毒，操作简单，通过主体机构和冲洗机构使容器本体内部缝隙死角的污染物也能够清除，清洗效果好。