本实用新型公开了一种水稻育种用高发芽率育种装置，包括箱体，箱体一侧的顶部固定设有进水管，进水管的一端固定设有第一阀门，箱体一侧的底部固定设有出水管，出水管的一端固定设有第二阀门，箱体内部的底端开设有加热室，本实用新型的有益效果是：通过设置的电机带动第一齿轮转动，在第一齿轮和第二齿轮的啮合作用下，带动旋转轴转动，竖杆随之转动，竖杆底部的搅拌棒，对种子进行搅拌，使种植得到充分翻转，使种子对水吸收的更充分，提高种子的发芽率；通过设置的温度控制器调节电阻丝的温度，控制清水的温度，使清水始终保持种子发芽最合适的温度；通过设置的透气孔，提高装置内部的含氧量，使种子发芽率更高。