本实用新型适用于医疗器械技术领域，提供了一种电磁波治疗器定时控制电路及电磁波治疗器，电路包括主控模块、与主控模块连接的旋转编码器、以及与主控模块连接的电源输出模块，旋转编码器包括编码模块、控制编码模块的第一编码控制模块和第二编码控制模块，电源输出模块还外接终端负载；第一编码控制模块控制编码模块输出第一数字信号时，主控模块根据第一数字信号，在预设时间之后断开电源输出模块；第二编码控制模块控制编码模块输出第二数字信号时，暂停基于预设时间的计时，第二编码控制模块控制编码模块输出第三数字信号时，继续基于预设时间的计时。通过本实用新型可以满足种电磁波治疗器的定时控制需求。