本实用新型公开了一种微生物功能性实验用培养皿清洗装置，包括底部四角焊接有支撑柱的清洗箱，所述清洗箱两侧内壁上通过螺栓固定有隔板，且隔板上开有等距离分布的放置口，所述放置口的内壁上设有夹持机构，所述清洗箱的底部内壁上通过轴承固定有等距离分布的传动轴，且传动轴位于放置口正下方，所述传动轴顶部焊接有半球壳，且传动轴的两侧外壁上均通过弹簧伸缩杆连接有刷板。本实用新型能够通过夹持机构对培养皿进行夹持，便于固定培养皿，可同时驱动多个传动轴，传动轴通过弹簧伸缩杆连接有刷板，适宜清洗不同口径的培养皿，能够同时对多个培养皿进行清洗，且半球壳和刷板上的刷毛能够分别清洗培养皿的四边内壁和顶部内壁。