本实用新型公开了一种生物医疗用废水处理装置，属于医疗设备技术领域，包括第一箱体，所述第一箱体的顶端安装有进水，且第一箱体一侧连接有第二箱体，所述第二箱体的顶端安装有出气口，且出气口的内壁顶端安装有第一滤芯，所述第一滤芯的下侧安装有第二滤芯，且第二滤芯的四周外壁与出气口的内壁相连接，所述第一箱体的内壁安装有第一过滤层，且第一过滤层的下侧安装有第二过滤。本实用新型中，安装有两个箱体，通过两次不同的消毒过程，生物医疗废水中的细菌可以完全被消毒，避免不达标的水质流入城市下水道，而且设置两道检测仪器，可以检测每一个箱体的水质情况，及时观察消毒情况是否良好，过滤系统是否出现问题。