本实用新型公开了一种水轮发电机组冷却水过滤系统。它包括进水管、出水管和控制机构，进水管和出水管之间并联有供水主路和供水旁路；供水主路和供水旁路上分别按照流体的输送方向从前至后依次设有流量阀、过滤器和压力传感器；控制机构包括PLC控制器、与PLC控制器连接的报警器，所述PLC控制器还分别与供水主路和供水旁路上的流量阀、压力传感器连接；它采用供水旁路的结构，从而克服现有技术存在过滤器清渣时需停止水轮发电机组或减负荷运行的缺陷，结合设有流量阀和压力传感器与PLC控制器连接，可实现过滤器堵塞自动报警，以及控制供水主路和旁路的自动切换，达到保障水电站连续、正常、安全运行的目的；它广泛适用于冷却水过滤处理配套使用。