本申请提供一种正负压采样隔离系统，涉及隔离舱技术领域。正负压采样隔离系统包括舱体、采样操作台和正负压过滤装置，正负压过滤装置可切换正压和负压模式，切换为正压模式时，隔离舱用于医务人员采样，医务人员在舱内通过采样操作台对外部人员进行采样，舱内的正压环境可以有效的避免细菌、病毒等污染物感染医务工作者；切换为负压模式时，隔离舱用于隔离和转运病人，且封口盖板需密封盖合袖套口，整个舱体形成一个密闭的负压空间，避免细菌、病毒等污染物扩散到舱体外部，避免疫情扩散。不同的舱内正压或负压模式，提高了隔离舱的利用率，降低生产和安装成本，提高了采样及病人转运的效率，两种模式的切换，极大的保证了未被感染的人员的安全。