本实用新型涉及输送设备技术领域，尤其涉及一种辊道运输自动拦截装置，该装置包括辊道输送机本体、检测机构和拦截机构，所述辊道输送机本体用于驱动样品前后移动，所述检测机构设置在所述辊道输送机本体的一侧，其检测端朝向所述辊道输送机本体设置，其用于检测样品经过其的次数，所述拦截机构设置在所述辊道输送机本体输送方向的前侧，并位于所述检测机构的后方，其与所述检测机构电连接，其用于将样品截留在所述辊道输送机本体的输送面上。本实用新型所述的自动拦截装置，其可对样品的灭菌次数进行精准的计数，防止灭菌不彻底，并可将灭菌完成后样品及时截留在输送面上，避免重复灭菌操作。