本实用新型涉及一种具有防护结构的闸门自动控制系统，包括有闸门框架，所述闸门框架底端固定连接有底槽，且闸门框架顶端固定连接有启闭机，所述启闭机内部安装有丝杆，且丝杆底端固定连接有连接件，并且该连接件底端固定连接有闸门本体。本实用新型中，通过液压杆可以带动着卡块伸缩移动，使其闸门本体能够与闸门框架之间卡合，达到锁闸的目的，可以当丝杆在出现断裂时，液压杆挤压着卡块卡入凹槽内，能够防止闸门本体在闸门框架内快速坠落，防止出现过速的冲击造成闸门框架或闸门本体的损坏，且通过锁闸，可以提高闸门本体与闸门框架的连接稳定，防止过快的水流冲击闸门时，造成闸门松动出现溢洪的情况发生，有效的对闸门整体起到保护作用。