一种隐藏防护式渠道测流系统，包括机井柜、跨设在渠道两岸的牵引机构、配设在牵引机构的缆绳上的测量机构，设置在机井柜外部的供电监控机构；机井柜包括上部的控制箱和下部的隐藏箱；所述牵引机构的一部分设置在所述隐藏箱内部；测量机构包括测量仪和智能铅鱼组件，测量仪内部设置有升降组件，用于测量数据的传感器组安装在铅鱼组件上，智能铅鱼组件通过升降组件实现升降；测量机构沿所述缆绳移动至所述隐藏箱体内部。这种测淤测流系统，是在机井柜机构中增设了一个隐藏防护箱体，测量仪器在闲置阶段能够直接在牵引绳的带动下移动至防护箱体中，减少其外露时暴晒和雨淋的几率，延长其使用寿命。