本实用新型涉及分离设备领域，且公开了一种生物工程专业全自动分离系统，包括固定座，所述固定座顶部的左侧安装有固定架，所述固定座的左端内部安装有PLC控制器，所述固定架的顶部安装有竖直电动推杆，所述竖直电动推杆的顶部固定连接有驱动马达，所述固定架的右端铰接有限位管，所述限位管的内部插接有分离管，所述驱动马达的输出轴固定连接有位于分离管上方的固定盖，所述固定盖的底部固定连接有插接在分离管内部的固定塞，所述固定架的中部安装有位于分离管左侧的水平电动推杆。该生物工程专业全自动分离系统，整个过程，全靠PLC控制器来控制，可以大大减少人力的损耗，减少人力成本的同时，还能增加分离的精度。