本实用新型涉及一种车用洁净空调系统，包括空调风机机组箱，空调风机机组箱包括箱体、箱体内自进风方向依次设有初效过滤器、抑菌板、蒸发器、加热器、送风风机、中效过滤器、高效过滤器，箱体的新风口与新风管道连接，箱体的出风口与送风管道连接，箱体的回风口与回风管道连接，新风管道上设有新风口，新风管道上设有新风风机，送风管道上设有送风口，送风口分别设于车内仪表台与前档连接处和车顶部，回风管上设有回风口，回风口分别设于车内座椅下面和乘客室尾部，乘客室尾部设有排风口，排风口处设有排风风机。本实用新型能够增加车内空气的有效循环、具有明显的节能效果。