本实用新型公开了一种河道治理用微生物制剂注入装置，包括船体，所述船体上设有药剂箱，所述药剂箱上连接一注药主管道，所述注药主管道上连接支管道；所述船体前端设有浮仓，所述浮仓内设有与所述浮仓转动连接的第一齿轮、以及与所述浮仓转动连接的第二齿轮若干，所述浮仓内设有一第一旋转电机与第一齿轮连接，相邻两第二齿轮相互啮合，任一第二齿轮与第一齿轮啮合，所述第二齿轮中间设有通过孔，所述第二齿轮上连接有穿过浮仓的搅拌杆，所述搅拌杆上设有与所述通过孔连通的长通槽，所述支管道伸进所述长通槽。本实用新型通过设置搅拌杆对淤泥进行翻动，使得生物制剂可以与淤泥充分混合，提高淤泥净化效果。