本实用新型公开了自动式医药检测用分离过滤装置，包括底板，底板的顶端中部设置有过滤箱，过滤箱的内部设置有圆柱形过滤仓且过滤仓的四周设置有过滤网；过滤箱的顶端对称设置有两个入料口，过滤箱的两侧均设置有入气口和出料口；底板的顶端一侧设置有集液箱，集液箱的一侧设置有第一出液口，集液箱的顶端设置有第二出液口，且第二出液口处设置有液泵。该种自动式医药检测用分离过滤装置的过滤仓的内部中间设置有转轴，转轴上设置有清理架，转轴的顶端与驱动电机转动连接，当需要对过滤网上的颗粒物进行清理时，可启动驱动电机带动转轴转动，转轴带动清理架转动对过滤网上的颗粒物进行清理；还可在清理过滤网时通过入气口向过滤网吹气来完成清理。