本实用新型公开一种浮游藻类自动进样器，包括控制装置，执行装置和PC上位机软件；控制装置分别与PC上位机软件和执行装置电性连接；执行装置包括蠕动泵，取样机构，清洗杯，导轨滑块，水平运动模块和竖直运动模块；取样机构包括取样架，取样针模块和装夹于取样针模块上的取样针；本实用新型以蠕动泵进行连续液流取样的方式使取样操作简化，优化了时间和空间成本；盛样容器放置于系统壳体内部，使样品免受外界污染，提高观测准确率；通过多通路同时采样节约采样时间，并实现多组样品的自由选择观测；通过取样架的晃动避免藻类凝聚成团，避免了观测精度受影响及可能形成的管路堵塞问题。