本实用新型公开了一种海水淡化膜处理系统，包括箱体，所述箱体左侧的顶部连通有进水管，所述箱体右侧的底部设置有排水机构，所述箱体底部的左侧设置有排污机构，所述箱体的内腔安装有海水淡化膜本体，所述箱体顶部的左侧固定连接有框体，所述框体内腔的左侧安装有电机，所述电机的输出轴传动连接有蜗杆。本实用新型通过启动电机正反转动，电机的输出轴最终带动毛刷上下移动，进而可对海水淡化膜本体表面的沉积物进行清洁，该海水淡化膜处理系统，具备自动清洁的优点，可对海水淡化膜本体表面的沉积物进行清理，避免沉积物堆积在海水淡化膜本体的表面对海水淡化膜本体的性能造成一定的影响，进而提高了海水淡化的效率。